В полномочия министерства входит формирование и реализация на территории Новосибирской области региональной политики в сфере науки и инноваций, создание условий для развития и эффективного использования научного, научно-технического и образовательного потенциала Новосибирской области в целях устойчивого и динамичного обеспечения стратегии социально-экономического развития Новосибирской области и другое. 
Министерство науки и инновационной политики Новосибирской области является областным исполнительным органом государственной власти Новосибирской области, осуществляющим государственное управление и нормативное правовое регулирование в сферах науки и инноваций в пределах установленных федеральным законодательством и законодательством Новосибирской области полномочий, а также координацию и контроль за деятельностью находящихся в его ведении подведомственных государственных учреждений Новосибирской области.